RNAi作為一項最具潛力的治療手段備受生物技術公司追捧，RNAi相關的專利也是兵家必爭之地。全球領先的RNAi公司Alnylam Pharmaceuticals近期就在美國麻省卷入RNAi專利訴訟案中。
Alnylam Pharmaceuticals及德國Max Planck科學進步協會（Max Planck隸屬于該協會）狀告3個機構，分別是：麻省理工學院，白頭生物醫學研究所和馬薩諸塞州大學。
Alnylam及Max Planck狀告這3機構篡奪原本屬于Max Planck的發明專利。目前這一案件在馬薩諸塞州Suffolk縣高等法庭開庭審理。這一案件的矛盾點在于，Alnylam的創始人， Phil Sharp（1993年諾獎得主，首次證實哺乳動物細胞存在RNAi現象的學者）和David Bartel（研究植物RNAi的學者），兩人曾是麻省理工學院的教授，關于RNAi的前期工作是在麻省理工完成的。
訴訟各方都拒絕向媒體發表聲明，雙方爭論的焦點在于，被告的3機構關于RNAi沉默基因的方法等申請的專利實際上應該屬于Max Planck。而Alnylam是具有Max Planck專利使用權的唯一公司，而一旦這些屬于Max Planck的專利被被告3機構獲得，那么Alnylam則失去唯一使用權，那么Alnylam就失去在RNAi領域的唯一優勢。
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